NCBI pro uskutečnění svých cílů realizuje řadu projektů, a to jak na lokální, tak i mezinárodní úrovni. Podporuje vzdělávání v této oblasti, a to zejména dětí, kterým ubližuje nevhodné a závadné chování na internetu. Poskytuje pomoc, působí proti šíření ilegálního, zejména pedofilního a extremistického obsahu na internetu.

Na lokální úrovni se NCBI snaží ve spolupráci se svými partnery realizovat především vzdělávací projekty, ke kterým dlouhodobě patří Praha bezpečně online, podporovaný Magistrátem hl. m. Prahy a městskými částmi dle realizace, a Bezpečně online – rizika internetu a sociálních sítí.

Na mezinárodní úrovni NCBI řeší především projekty iniciované Evropskou komisí. K nim patří především projekt eSafety Label+, podporující zvýšení bezpečnosti školního IT prostředí.